Die Evangelisch-reformierte Kirche in Bayern besteht seit 1856, als die fränkischen Gemeinden (Bayreuth, Erlangen, Nürnberg und Schwabach) und Marienheim (bei Neuburg/Donau) das Recht zur Bildung einer Synode erhielten. Später schlossen sich auch die ältesten reformierten Gemeinden in Bayern, Herbishofen und Grönenbach (1559) im Allgäu sowie die drei Münchner Gemeinden (darunter eine 1993 gegründete Gemeinde ungarischer Sprache) an. 

Die Reformierten in Bayern haben sehr unterschiedliche Ursprünge. Flüchtlinge aus Frankreich (Hugenotten) haben sich in Erlangen, Schwabach und Bayreuth angesiedelt. In den anderen Gemeinden waren es Zuwanderer aus der Schweiz, aus Holland, Belgien und der Pfalz. In der heutigen Zeit halten die Gemeinden ihren Bestand zu einem guten Teil aus Zugezogenen aus reformierten Regionen Deutschlands (insbesondere Ostfriesland, Grafschaft Bentheim, Rheinland, Siegerland, Hessen, Pfalz) und dem benachbarten Ausland (z.B. Schweiz, Niederlande, Ungarn).

Die Reformierten sind in Bayern eine Minderheit zwischen einer dominierenden Katholischen Kirche auf dem Land und der Evangelisch-Lutherischen Kirche vor allem in den Städten. Gleichwohl ist die kleine Kirche gut in die Ökumene integriert – sowohl in den jeweiligen Regionen als auch bayernweit z.B. durch die Vertretung in der Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen (AcK).

Nach außen pflegen die bayerischen reformierten Gemeinden vielfältige Beziehungen – etwa nach Tschechien, Polen, Serbien, Rumänien und Ungarn.

Die Evangelisch-reformierte Kirche in Bayern zieht die ihr zustehenden Kirchensteuern nicht selbständig ein, sondern bekommt einen prozentualen Anteil der Kirchensteuereinnahmen aller Evangelischen in Bayern. Deshalb verwaltet sie ihre Finanzen selbst.